従来は医師が紙に記録していたカルテを、コンピュータを用いて電子的に記録し、データとして管理・活用するシステムをいう。1999年に厚生省（現厚生労働省）が認可したことで普及が始まった。

　電子化することで、長期間にわたって大量のカルテを保存でき、保管するスペースが少なくて済む。また、数年ぶりに受診するような患者のカルテでも、簡単に検索できる。大規模病院などで、ネットワークを通じて複数の診療科でカルテを共有すれば、院内を移動してカルテを取りに行く手間を省くことができる。また、医師が記録したカルテは瞬時に処方箋や会計明細に反映されるので、患者には会計などの待ち時間が少なくなるという利点がある。

　しかし、電子カルテは万能というわけではない。例えば、医師は聴診や触診などで得た患者の情報を、書き言葉や手書きの図面で記録することが多い。その際の自由度は、紙のカルテのほうが高い。また、電子カルテは導入・運用コストの負担が大きいことや、システムが停止した場合には利用できなくなるなどのデメリットがある。

　日本では、電子カルテに関する公的な規格や業界標準が確立されていない。このため、ITベンダー各社が提供する電子カルテは形式がまちまちで、病院ごとに異なるシステムが導入されている。その結果、電子カルテを導入している病院の患者が別の病院で受診しようとしたときには、いちいち紙のカルテに印刷して持参しなければならないケースが多い。

　こうした現状から、電子カルテの普及は緩やかなものにとどまっている。調査会社のシード・プランニングによれば、2010年の電子カルテの普及率は、病院が23.1％で、診療所が19.8％。2010年の市場規模は1089億円で、15年には1327億円になると予測している。